Eens in de twee jaar wordt de zilveren Akademiepenning uitgereikt aan een persoon die zich in Nederland zeer verdienstelijk heeft gemaakt voor de bloei van de wetenschappen in de ruimste zin van het woord. De Akademiepenning wordt sinds 1983 uitgereikt.

De KNAW kent om de vier jaar een medaille toe aan een wetenschapper die een belangrijke bijdrage heeft geleverd aan de fasenleer.

De Buys Ballot Medaille is bedoeld voor de ontwikkeling van de meteorologie. De medaille wordt eens in de tien jaar uitgereikt.

De Christiaan Huygens Wetenschapsprijs wordt sinds 1998 jaarlijks uitgereikt en stimuleert vernieuwend onderzoek in de vakgebieden waarin Christiaan Huygens uitblonk. Per jaar staat een ander vakgebied centraal. 2013 staat in het teken van het vakgebied ruimtewetenschappen.

De KNAW kent tweejaarlijks de De la Court-Prijs toe voor onbetaald wetenschappelijk onderzoek, zoals een groot oeuvre, levenswerk of uitzonderlijke prestatie. De prijs is voor onderzoekers in de alfa- en gammawetenschappen.

De Franse en Nederlandse regeringen hebben de Descartes-Huygensprijs in 1995 ingesteld om de Frans-Nederlandse samenwerking onder de aandacht te brengen bij onderzoekers en het grote publiek.

Elke twee jaar reikt Dow de Dow Energieprijs uit voor baanbrekend energieonderzoek. Daarnaast worden twee proefschriften beloond met de Dow Energie Dissertatieprijs. De KNAW treedt op als onafhankelijke deskundige jury.

In 2012 reikten de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen (KNAW)  en de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) voor het eerst gezamenlijk de Eurekaprijs voor wetenschapscommunicatie uit.

De medaille van het Gilles Holstfonds waardeert onderzoek naar toegepaste scheikunde en natuurkunde.

De Heineken Young Scientists Awards willen het talent van de volgende generatie een extra stimulans geven. De Awards worden tegelijk met de Heinekenprijzen uitgereikt aan jonge, veelbelovende wetenschappers die door excellent onderzoek een voorbeeldfunctie vervullen voor andere jongere wetenschappers.