De KNAW en haar Joint Working Committee-partners werken ook samen in de vorm van multilaterale netwerken. De KNAW en het Indonesische ministerie van Onderzoek en Technologie nemen deel aan het door de EU gesubsidieerde netwerkprogramma SEA-EU-NET (2008-2012).
Hier zijn zeventien EU- en ASEAN-lidstaten bij betrokken.
Het doel van het programma is om:
- de biregionale dialoog over wetenschappelijke samenwerking te verbeteren;
- de Zuidoost-Aziatische betrokkenheid bij EU-kaderprogramma’s te vergroten (cofinanciering).
Gezien het succes van het programma heeft SEA-EU-NET een vervolg gekregen in SEA-EU-NET II (2012-2017).