De KNAW is door de Belastingdienst aangewezen als Algemeen Nut Beogende Instelling (ANBI). Voorwaarde voor het hebben van een ANBI-status is dat een organisatie geen geld aan zichzelf mag toekennen, maar dit moet uitkeren aan doelen die het algemeen belang dienen. De Belastingdienst ziet de eigen organisatie, waaronder ook de KNAW-instituten, daarbij als eigen belang en niet als algemeen belang.